La historia transcurre en un futuro distante, mil años después de la destrucción de la Tierra a manos de unas gigantescas criaturas alienígenas llamadas Gauna (奇居子（ガウナ）^?), donde los humanos han escapado a bordo de naves espaciales masivas construidas a partir de los restos del planeta. Uno de dichos buques espaciales es Sidonia, que ha desarrollado su propia cultura humana basada en la japonesa donde, además, la clonación humana, reproducción asexual e ingeniería genética humana (como humanos fotosintéticos) son prácticas normales. Con una población superior a 500.000 personas, Sidonia es posiblemente el último de los refugios humanos, pues se desconoce el paradero de las otras embarcaciones

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